Quân đội Tây Sơn phá huỷ hoàn toàn Lam Kinh và kinh đô An Trường biểu tượng của các vua Lê, và còn phá huỷ nhiều chùa chiền miếu mạo khác. Năm 1790, con vua Quang Trung là Quang Bàn được cử làm trấn thủ Thanh Hoá. Năm 1792, thì tách ra 2 phủ Trường An và Thiên Quan của Thanh Hoa ngoại thành trấn Thanh Bình (tức Ninh Bình ngày nay).